中国药科大学理学院前身为中国药科大学基础部，始建于1980年11月，2012年5月基础部更名为理学院。现下设化学系、数据科学系、生物统计系、数理系及化学实验中心。

在学校高水平药学人才培养体系中，理学院处于基础性、先导性地位，始终坚持质量立院、人才兴院、特色办院的办学原则，在人才培养、科学研究、学科建设、队伍建设等方面呈现良好的发展态势。

现有4个学术学位博士授权点：药物化学、药物分析学、农业药学、医药大数据与人工智能；2个专业学位博士授权点：药学（转化药学）、生物与医药（数据科学与工程）；6个学术学位硕士授权点：化学、农业药学、医药大数据与人工智能、公共卫生与预防医学、药物化学、药物分析学；4个专业学位硕士授权点：应用统计、生物与医药（医药大数据与人工智能）、药学（药物合成与工艺优化）、药学（药物质量控制）；3个本科专业：信息系统与信息管理、生物医药数据科学、生物统计。

学院师资力量雄厚，教学成果丰硕。现有专任教师163人，其中正高22人，副高78人，讲师63人；博导18人，硕导67人；省部级以上人才项目45人。多年来获省部级以上教学成果奖14项，国家科技进步二等奖1项，省级科技奖3项。

学院加强化学、信息科学、生物统计学与药学的交叉和融合，积极引进海内外高层次人才，形成以若干重点研究领域为基础的学科布局。化学学科连续5年ESI排名全球前1%，“十三五”江苏省重点学科；药物化学和药物分析学国内排名第一；依托大数据与人工智能研究平台，“计算机辅助药物设计”领域已成为国内外有一定知名度的特色研究方向，人工智能成为研究新亮点；与美国MD Anderson研究中心全方位合作，建设高水平生物统计科研团队。学院依靠优势学科，整体布局规划，打造了重大疾病相关的信号转导关键分子靶向药物研究平台、医药生物功能材料重点实验室、生物统计与计算药学研究中心、生物信息研究中心等9个平台。

近年来，理学院科研成果的数量和质量逐年增加。5年来，学院科研到账总经费超1亿元。共获国家自然科学基金课题资助31项，其中国家优青2项；主持省自然基金资助课题12项，科技成果转让和授权专利60余项。发表高水平研究论文600多篇。2023年首次立项国家重点研发计划项目1项。