中国药科大学理学院前身为中国药科大学基础部，始建于1980年11月，2012年5月基础部更名为理学院。现下设化学系、数据科学系、生物统计系、数理系及化学实验中心。
在学校高水平药学人才培养体系中，理学院处于基础性、先导性地位，始终坚持质量立院、人才兴院、特色办院的办学原则，在人才培养、科学研究、学科建设、队伍建设等方面呈现良好的发展态势。
现有3个博士学位授权点：药物化学、药物分析学、医药大数据与人工智能；5个学术学位硕士授权点：药物化学、药物分析、医药大数据与人工智能、化学、公共卫生与预防医学；3个专业学位硕士授权点：应用统计、药学、生物与医药；3个本科专业：信息系统与信息管理、生物医药数据科学、生物统计。
学院师资力量雄厚，教学成果丰硕。现有专任教师156人，其中正高22人，副高79人，讲师55人；博导16人，硕导62人；省部级以上人才项目44人。多年来获省部级以上教学成果奖14项，国家科技二等奖1项，省级科技奖3项。
学院加强化学、信息科学、生物统计学与药学的交叉和融合，积极引进海内外高层次人才，形成以若干重点研究领域为基元的学科布局。化学学科连续5年ESI排名全球前1%，“十三五”江苏省重点学科；药物化学和药物分析学国内排名第一；依托大数据与人工智能研究平台，“计算机辅助药物设计”领域已成为国内外有一定知名度的特色研究方向，人工智能成为研究新亮点；与美国MD Anderson研究中心全方位合作，建设高水平生物统计科研团队。学院依靠优势学科，整体布局规划，打造了重大疾病相关的信号转导关键分子靶向药物研究平台、医药生物功能材料重点实验室、生物统计与计算药学研究中心、生物信息研究中心等9个平台。
近年来，理学院科研成果的数量和质量逐年增加。近五年，学院获省部级以上项目28项；纵向经费2509万元，横向经费5386万元；授权专利58个；发表SCI论文发表637篇，其中5.0以上286篇。